Los menonitas emergieron como resultado de diferencias con el movimiento protestante de Martín Lutero a principios del siglo XVI. Una de muchas diferencias era su oposición al papado, al uso de imágenes religiosas, a la interpretación luterana y católica de la Cena del Señor (Eucaristía), a los ejércitos y, sin ser la más importante de las diferencias, al bautismo infantil. Es por esta última razón que a los primeros se les llamó Anabaptistas aunque entre ellos preferían llamarse Brethren (hermandad). El argumento detrás de esta diferencia con los demás grupos protestantes era que "solamente una persona lo suficientemente madura que tenga una fe consciente y pueda tomar decisiones por sí misma podrá ser bautizada. Además tiene que mostrar los resultados de la fe en su vida diaria". Para los demás grupos protestantes esto era fanatismo.

Debido a la persecución religiosa la primera emigración los lleva a una peregrinación en el norte de Alemania. Primero a Emdem, luego a Krefeld y poco después, en 1642, un gran grupo emigra a la tolerante ciudad de Danzig, Prusia. Ahí drenan tierras pantanosas e inútiles y las convierten en

prósperas tierras de pastoreo y cultivos de trigo. Esto fue alcanzado a un costo extremadamente alto ya que el ochenta por ciento de los hombres murieron de "fiebre pantanosa".

Para evitar prestar servicio militar en Prusia, un gran grupo de los menonitas "flemish", decidió mudarse a Rusia. Más de cuatrocientas familias llegaron a las riberas del Río Chortitza a finales de 1789 y convirtieron a Ucrania en la canasta de pan de Europa. Desde aquí hubo varios disidentes que emigraron como misioneros a varias partes del mundo: Turkestán, Sumatra, y Siberia entre otros lugares. En 1880 el visionario Claasz Epp se dejó cautivar por los libros de Daniel y el Apocalipsis. Luego rompió con los "flemish", fundó la Iglesia Evangélica Menonita y luego emigró a la región asiática de Rusia. Una vez ahí, poco a poco excomulgó a toda su congregación y murió solo en el éxtasis considerándose a sí mismo hijo directo de Jesucristo y la cuarta persona de la Santísima Trinidad.

A partir de 1873 y hasta 1884, más de ochenta mil emigraron de nuevo una vez que recibieron permiso para establecerse en Manitoba, Canadá. Trajeron consigo el maravilloso trigo que habían encontrado en Ucrania. Poco después y para evitar la incorporación al sistema de educación pública, un grupo de ellos decidió buscar nuevos horizontes, esta vez en el norte de México. En 1922 se firmó un acuerdo y ese mismo año llegaron las primeras familias desde Manitoba en un tren rentado.

Más de sesenta mil viven en la región occidental del estado y son miembros de la Iglesia Menonita, la Iglesia Menonita Brethren, la Iglesia del Comité Central Menonita o la Iglesia Menonita de la Conferencia General.